Университет экономики и предпринимательства (УЭП) был создан в соответствии с Указом Президента Кыргызской Республики №VII-100 от 1 апреля 1993 года «О создании Коммерческого института Кыргызпотребсоюза в г. Джалал-Абад». Согласно этому указу вуз первоначально именовался Джалал-Абадским Коммерческим институтом. Вуз был создан по предложению Кыргызпотребсоюза (ныне Кыргызкоопсоюз – учредитель вуза) на базе Джалал-Абадского Кооперативного техникума (1966 г.) и Джалал-Абадского Кооперативного училища (1959 г.). Главе Джалал-Абадской областной государственной администрации – губернатору А.А. Тагаеву и председателю правления Кыргызпотребсоюза М. Орозбаеву было дано указание решить организационные и финансовые вопросы, связанные с созданием института. Ректором вуза был назначен д.э.н., проф. Канторо Шарипович Токтомаматов, проректором по учебной и научной работе к.э.н., проф. Ш.Б. Алманбетов, проректором по внеучебной работе Б.С. Ташбаев. В первый период  становлению вуза, кроме вышеназванных лиц, оказали активное содействие мэр г. Джалал-Абад К.М. Исманов, председатель Джалал-Абадского облпотребсоюза Т.А. Анаркулов (позже избранный председателем правления Кыргызпотребсоюза). Всемерное содействие становлению вуза оказали и вице-премьер-министр Кыргызской Республики тех лет А. Эркебаев (ныне президент Национальной академии КР), А.Ч. Какеев, являвшийся в те годы министром образования Кыргызской Республики.

В том же 1993 году в соответствии с четырехсторонним соглашением между Фондом исследования тюркоязычных стран Турецкой Республики «Türk Dünyası», Кыргызпотребсоюзом, Министерством образования Кыргызской Республики, Джалал-Абадской облгосадминистрацией в Джалал-Абадском Коммерческом институте был создан Кыргызско-Турецкий факультет менеджмента, переименованный в 2008 году в Международный Кыргызско-Турецкий институт, в составе которого ныне два факультета: Кыргызско-Турецкий факультет менеджмента и Гуманитарно-педагогический факультет. В открытии названных факультетов неоценимый вклад внес д.э.н., проф. Туран Язган (1938-2012 гг.) – президент фонда «Türk Dünyası», посвятивший всю свою жизнь укреплению связей дружбы и братства между тюркоязычными странами, тюркоязычными народами. Фонд полностью обеспечил профессорско-преподавательским составом, техническими средствами обучения, учебниками и учебными пособиями образовательную деятельность названных факультетов, которые вместе с гражданами Кыргызстана обучали граждан Турции, России, Казахстана. Азербайджана, Македонии, Грузии, Сирии, Узбекистана, Афганистана.

Первый выпуск специалистов с квалификационно-академической степенью бакалавра экономики, менеджмента, коммерции Джалал-Абадским Коммерческим институтом был осуществлен в 1997 году. С тех лет вуз окончили 10251 специалист.

Джалал-Абадский Коммерческий институт постановлением Кыргызпотребсоюза №4 от 16 июля 2005 года был преобразован в Академию экономики и предпринимательства. В том же году решением коллегии Министерства образования Кыргызской Республики №7/3 от 4 ноября 2005 года вузу был придан новый статус, в соответствии с новым статусом вуз стал именоваться Университетом экономики и предпринимательства. Большая заслуга в принятии этих важных для вуза решений принадлежит председателю правления Кыргызкоопсоюза (бывший Кыргызпотребсоюз) Ж.М. Абакирову, Досбол Нур уулу – в тот период министр образования Кыргызской Республики.

Ректор УЭП д.э.н., проф. К.Ш. Токтомаматов за вышеназванный период, объединив усилия дружного коллектива, добился ощутимых успехов в отношении развития вуза, в плане материально-технической базы, в плане качества работы профессорско-преподавательского состава, в плане студенческого контингента. Университет экономики и предпринимательства за успехи сфере образования и науки в 2010 году был удостоен международной награды «MILLENIUM AWARD» (награда тысячелетия) Международного конгресса промышленников и предпринимателей, лидеров бизнеса, науки и культуры в г. Москва Российской Федерации, а также Европейской Бизнес Ассамблеи. Международной награды «INTELLECT OF NATION» (интеллект нации) этих же организаций и в том же году был удостоен и ректор вуза д.э.н., проф. Канторо Шарипович Токтомаматов.

С первых лет работы вуза и по сей день активно работают и вносят свой посильный вклад в дело обучения и воспитания студенческой молодежи к.э.н., проф. А.А. Мамасыдыков – проректор по учебной и научной работе, доц. А.С. Жолдошбаев – проректор по внеучебной (воспитательной) работе, к.э.н., проф. С.А. Омурзаков – декан факультета управления и финансов, к.п.н., проф. Т.Т. Омошев – декан факультета экономики, менеджмента и информационных технологий, к.э.н., доц. М.Д. Кочкорбаева – зав. кафедрой экономики, к.п.н., проф. Т.Б. Борубаев – зав. кафедрой естественнонаучных дисциплин,  доц. М.А. Таштанов — зав. кафедрой физической культуры и спорта, к.и.н., доц. Ж.А. Дуйшеев — зав. кафедрой философии и общественно-языковых дисциплин, к.э.н., доц. Н.А. Ормонов – директор Института дистанционного обучения и переподготовки кадров, Ж. Жуманазаров — начальник отдела отчетности и финансов, З.С. Самиева — заведующая Центральной библиотекой УЭП.

Стоит отметить многолетний вклад и начальника Учебно-инспекционного департамента доц. Г.С. Сыдыковой, зав. кафедрой бухгалтерского учета, анализа и аудита к.э.н., доц. А.М. Маткеримовой, зав. кафедрой бизнеса и права к.э.н., доц. А.Б. Торогельдиевой, начальника хозяйственного отдела Т.М. Абдылдаева, зам. директора Международного Кыргызско-Турецкого института Ж.Б. Исманова, начальника организационного отдела Г.Ш. Суеркуловой.

В целях обеспечения высокого качества обучения и подготовки специалистов УЭП поддерживает активные связи сотрудничества с зарубежными и отечественными вузами, это Российский университет  кооперации,  Российский университет дружбы народов, Воронежский государственный университет, Белорусский торгово-экономический университет потребительской кооперации, Полтавский университет экономики и торговли Украины, Стамбульский университет,  Университет Сакарии, Университет Эрджиеса, Университет Гебзе, Улудагский университет, Азербайджанский государственный экономический университет, Кыргызский национальный университет им. Жусупа Баласагына, Кыргызско-Российский Славянский университет им. Б.Н. Ельцина, Кыргызский экономический университет и др.

УЭП является членом Великой Хартии университетов, которая объединяет 750 университетов мира.

Выпускники УЭП сегодня успешно работают в Правительстве Кыргызской Республики, в Жогорку Кенеше Кыргызской Республики, в органах местного самоуправления, в налоговых органах, в банках и других финансово-кредитных учреждениях, на предприятиях, в сфере бизнеса.