Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлигинин буйругу менен № 02-10/702 16 апрель 1997 жылы коммерциялык институттун базасында 08.00.01; 08.00.05; 08.00.12; 09.00.00. адистиктери боюнча аспирантура бөлүмү түзүлгөн. Илимий-педагогикалык кадрларды даярдоо максатында жана Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнүн токтому менен бекитилген "Кыргыз Республикасында илимий-педагогикалык жана илимий кадрларды даярдоо жөнүндө" жобонун 29-пунктуна ылайык, 16-июль 2018-жыл-327-жыл, Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлигинин буйругу менен №290/1 16-мартт 2020-жылы К.Ш. Токтомаматов атындагы ЭАУнун алдындагы аспирантура бөлүмү (жаңы адистиктерди киргизүү менен) кайра жанданды.
2016 - жылдан тартып К.Ш. Токтомаматов атындагы ЭАУде «Аспирантура, илим жана докторантура» бөлүмү илимий-изилдөө жана илимий багыттагы иш-аракеттерди координациялоо, көзөмөлдөө, аткаруу менен биргеликте аспирантура, докторантуранын ишмердүүлүгүн уюштуруу иш-чараларын ийгиликтүү жүргүзүп келет.
2016 – 2020 ж.ж. К.Ш. Токтомаматов атындагы ЭАУнин аспирантурасына 1 тармак боюнча 2 адистикке, 14 аспирант ийгиликтүү окуп, окумуштуулук даражасын алууга жазылган илимий диссертацияларын жакташып учурда, окумуштуу илимдин кандидаты, доценттер.
К.Ш. Токтомаматов атындагы ЭАУда 9 илимдин доктору, профессорлор, 42 илимдин кандидаты, доценттер аспиранттарга илимий жетекчилик кылышат. Башка окуу жайлардан, илимий мекемелерден 5 илимдин доктору, профессорлор, илимий шакирттерди даярдашууда.
Аспирантура бөлүмү илимий иш-чаралардын башкы багыты катарында К.Ш. Токтомаматов атындагы ЭАУнун профессордук – окутуучулук жамааты үзгүлтүксүз эл аралык, республикалык, аймактык конференцияларды, тренинг-семинарларды, тегерек столдорду кафедралардын илимий иш чараларынын планынын негизинде өткөрүп келет.
Ошону менен бирге аспиранттар, изденүүчүлөр жана илимдин жаш талапкерлери үчүн “Илимий изилдөөлөрдүн негиздери”, “Илимий-изилдөө иштеринин методологиясы”, “Илимий иш-аракеттерди баалоонун жаңы критерийлери”, “Web of sсience, Scopus системаларына илимий эмгектерди жарыкка чыгаруу” ж.б. темалардагы жана Жаш окумуштуулар мектебинин тренинг-семинарларынын жыл сайын өткөрүлөт жана алардын материалдары “ К.Ш. Токтомаматов атындагы ЭАУнин жарчысы” илимий журналынын атайын сандарында жарык көрөт.
К.Ш. Токтомаматов атындагы эл аралык «Аспирантура, илим жана докторантура» бөлүмү “К.Ш. Токтомаматов атындагы эл аралык университетинин 2020-2030 ж.ж. өнүгүү стратегиясындыгы” илимий ишмердүүлүктү өнүктүрүүнүн перспективдүү багыттарын ишке ашыруу, эл аралык илим мейкиндигине интеграциялануу иш-аракеттеринин үстүндө, инновациялык окуу ыкмалары аркылуу максатка багытталган, комплекстүү иш-аракеттерди жүргүзүүдө.
